Нгс происшествия


Происшествия Новосибирска и Новосибирской области - последние новости за сегодня | НГС

Происшествия

«Отправил одногруппникам странные сообщения и пропал»: в Новосибирске ищут 18-летнего студента

Местонахождение молодого человека неизвестно с 11 января

7 612

80

СК возбудил уголовное дело из-за смерти пенсионерки после падения на скользком тротуаре

2 626

8

В Шерегеше туристов завалило в пещере — видео из снежного плена

8 332

17

Легковушка врезалась в снегоуборщик в НСО — в аварии погиб 35-летний мужчина

10 397

28

Происшествия

Поликлиника Кузбасса открыла возле регистратуры мясную лавку

15 700

118

Обвешивалась брендами, жила в роскоши: как россияне несли миллионы в пирамиду 26-летней красавицы-блогера. 5 историй

14 115

77

Сибиряк избил 16-летнюю школьницу за то, что она попросила его выгуливать хаски на поводке

19 068

154

11-летнюю девочку сбили на пешеходном переходе около лицея № 9

9 671

41

Происшествия

Репортаж

«Режиссер нормальный, да и внешне нормальный».

Репортаж из московской больницы, где борются за жизнь Никиты Михалкова

22 452

60

ДТП с грузовиком спровоцировало пробку на Димитровском мосту

7 885

15

Сибиряк похитил автомобиль такси в Кузбассе и отправился на шопинг в Новосибирск

5 374

12

Толпа новосибирских подростков устроила массовый забег через дорогу в кино — видео, которым заинтересовались в ГИБДД

8 702

46

Происшествия

Двое спасателей пострадали при тушении пожара в бывшем кинотеатре в Кузбассе

7 665

32

Дорожники спасли 20 пассажиров автобуса, который застрял на Чуйском тракте в мороз

5 792

19

Как тушили три частных дома на левом берегу Новосибирска — впечатляющее видео

9 222

17

Рухнула печная труба: три дома загорелись в частном секторе Ленинского района — видео ЧП с открытым огнем

9 932

30

Происшествия

Эксклюзив

«Это не мать, это — монстр». История сибирячки, которая с малышом уехала автостопом в Самару и попала в психбольницу

50 613

175

«Решил поехать кататься»: в Новосибирской области 9-классник угнал машину у отца — его задержала полиция

8 267

42

Возле Димитровского моста в Новосибирске произошел пожар — видео

16 162

18

В Новосибирске шестеро детей отравились парами хлора в бассейне — СКР начал проверку

18 403

47

Происшествия

Эксклюзив

«Это не мать, это — монстр».

История сибирячки, которая с малышом уехала автостопом в Самару и попала в психбольницу

50 613

175

Дорожники спасли 20 пассажиров автобуса, который застрял на Чуйском тракте в мороз

5 792

19

Как тушили три частных дома на левом берегу Новосибирска — впечатляющее видео

9 222

17

Рухнула печная труба: три дома загорелись в частном секторе Ленинского района — видео ЧП с открытым огнем

9 932

30

Происшествия

Двое спасателей пострадали при тушении пожара в бывшем кинотеатре в Кузбассе

7 665

32

«Решил поехать кататься»: в Новосибирской области 9-классник угнал машину у отца — его задержала полиция

8 267

42

Возле Димитровского моста в Новосибирске произошел пожар — видео

16 162

18

В Новосибирске шестеро детей отравились парами хлора в бассейне — СКР начал проверку

18 403

47

Происшествия

«Потеряла управление»: пять человек погибли в аварии в Кемеровской области

30 450

68

«Проснулась от его плача»: младенец спас многодетную семью от пожара

10 104

12

«Возможно, усыпят»: мэр Кольцово объяснил, что ждет маламута после нападения на ребенка

8 866

44

Как десятки мобилизованных погибли в новогоднюю ночь — подробности трагедии в Макеевке

21 981

101

Происшествия

«Мужчина с ребенком поставил его криво, а потом убежал»: подробности и видео пожара на балконах МЖК из-за салюта

51 264

200

В охотничьей избушке на Алтае нашли 4 рыбаков — они пропали на новогодних праздниках

16 978

35

Тело женщины нашли под окнами 10-этажки в Южном микрорайоне

10 867

28

Коммунальщики боялись спускаться в подвалы: подъезды дома на Богаткова заволокло паром после прорыва теплотрассы

6 205

35

Происшествия

Репортаж

Смертельная красота.

Показываем опасный мост и горячую «реку», где заживо сварился новосибирец

46 106

204

«Вышли за ребенком ехать, а машины нет»: подробности угона красной «Лады» — семье платить за нее кредит еще 7 лет

18 695

167

Хозяйка маламута, разодравшего лицо ребенку, высказалась о нападении пса

24 107

184

В Новосибирске возбудили уголовное дело на мать двух малышей, погибших в пожаре

7 584

7

Происшествия

Онлайн-трансляция

Число погибших в кемеровском приюте для наркоманов увеличилось: собираем всю информацию в режиме онлайн

18 103

88

«Опознали по семейной татуировке»: родные погибшего в Макеевке бойца рассказали, как простились с солдатом

15 225

133

16-летнюю девушку высадили из рейсового автобуса в Новосибирске — билет перепродали другому пассажиру

32 379

156

Медики сообщили о состоянии ребенка, пострадавшего от нападения маламута в НСО

16 137

88

Происшествия

Онлайн-трансляция

Число погибших в кемеровском приюте для наркоманов увеличилось: собираем всю информацию в режиме онлайн

18 103

88

«Вышли за ребенком ехать, а машины нет»: подробности угона красной «Лады» — семье платить за нее кредит еще 7 лет

18 695

167

Хозяйка маламута, разодравшего лицо ребенку, высказалась о нападении пса

24 107

184

В Новосибирске возбудили уголовное дело на мать двух малышей, погибших в пожаре

7 584

7

Происшествия

Репортаж

Смертельная красота.

Показываем опасный мост и горячую «реку», где заживо сварился новосибирец

46 106

204

«Опознали по семейной татуировке»: родные погибшего в Макеевке бойца рассказали, как простились с солдатом

15 225

133

16-летнюю девушку высадили из рейсового автобуса в Новосибирске — билет перепродали другому пассажиру

32 379

156

Медики сообщили о состоянии ребенка, пострадавшего от нападения маламута в НСО

16 137

88

Происшествия

Портал в подземелье: в Кузбассе из-за обвала грунта рядом с рудником образовалась огромная дыра

26 254

59

«Щели в некоторых местах достигают 7 см»: смотрим на последствия ЧП в треснувшем доме на Римского-Корсакова

20 954

139

«Человек выронил ключи, а они подобрали»: парень с девушкой угнали красную «Ладу» и попали в ДТП

10 243

30

В пятиэтажке на Римского-Корсакова треснула стена — прокуратура начала проверку

14 767

115

Происшествия

Подробности

«Ее обещали отправить в психушку»: новосибирец борется с богатыми родителями невесты — он бывший зэк, и они прячут девушку

34 940

167

Сибирячку, которая путешествовала автостопом с младенцем, отправили в психдиспансер

17 159

71

Снежная лавина перекрыла дорогу в Красноярском крае

5 047

20

Кроссовер врезался в дорожное ограждение на Большевистской — видео последствий

9 578

18

Происшествия

Эксклюзив

«Королеву дома» обвинили в мошенничестве: сибирячка собрала с клиентов деньги и пропала — они остались без мебели

18 354

68

Два автомобиля столкнулись у вокзала в Новосибирске — один из них отбросило на пешехода

7 795

11

Появилось новое видео нападения маламута на новосибирского мальчика: с чего всё началось

28 311

305

Прокуратура и СК начали проверку после нападения собаки на ребенка

9 413

98

Стрельба в Крымске

Онлайн-трансляция

Мужчина открыл стрельбу на улице в Крымске — четверо погибли.

Собрали всё, что известно о трагедии

116 517

47

Новосибирский турист погиб под лавиной в Кемеровской области

22 192

47

Разорваны лицо и шея: маламут напал на ребенка под Новосибирском — видео ЧП

37 044

417

Косметика сгорела в магазине SuperMag на Красном проспекте

13 372

31

Стрельба в Крымске

Онлайн-трансляция

Мужчина открыл стрельбу на улице в Крымске — четверо погибли. Собрали всё, что известно о трагедии

116 517

47

Два автомобиля столкнулись у вокзала в Новосибирске — один из них отбросило на пешехода

7 795

11

Появилось новое видео нападения маламута на новосибирского мальчика: с чего всё началось

28 311

305

Прокуратура и СК начали проверку после нападения собаки на ребенка

9 413

98

Происшествия

Эксклюзив

«Королеву дома» обвинили в мошенничестве: сибирячка собрала с клиентов деньги и пропала — они остались без мебели

18 354

68

Новосибирский турист погиб под лавиной в Кемеровской области

22 192

47

Разорваны лицо и шея: маламут напал на ребенка под Новосибирском — видео ЧП

37 044

417

Косметика сгорела в магазине SuperMag на Красном проспекте

13 372

31

Все новости

Происшествия Омска и Омской области - последние новости за сегодня

Происшествия

Эксклюзив

Обвешивалась брендами, жила в роскоши: как россияне несли миллионы в пирамиду 26-летней красавицы-блогера.

5 историй

Почему люди поверили диве из Рыбинска

Автобус по пути на кладбище попал в массовое ДТП — пострадали четверо

2 175

4

В Омске водитель пытался сесть на колени пассажира, чтобы его не наказала полиция

1 400

1

Продержитесь еще денек: в омской деревне перемерз водопровод

1 081

12

Спецоперация на Украине

И на фронт нельзя, и отсрочку не дают: 30 мобилизованных с категорией Г три месяца живут в омской части

17 496

9

Как десятки мобилизованных погибли в новогоднюю ночь — подробности трагедии в Макеевке

3 352

6

В омской малосемейке из-за утечки газа сгорела квартира

2 639

6

В центре Омска коммунальная авария — несколько домов остались без тепла

1 277

1

Происшествия

«Алкогольный угар сделал свое»: вандал, расколотивший остановки в центре Омска, раскаялся на видео

3 507

12

Жителя Москаленок отправили в колонию за то, что он угрожал полицейскому ножом

«Опознали по семейной татуировке»: родные погибшего в Макеевке бойца рассказали, как простились с солдатом

2 659

5

В Омской области мужчина и женщина насмерть замерзли на улице

6 385

11

Происшествия

Мнение

Действует как снотворное: спасатель рассказал, почему люди погибают в пожарах

2 234

2

Неизвестный разгромил три теплых остановки в центре Омска

4 753

22

На видео попало ДТП возле «G-Drive Арены», где перевернулась иномарка с собакой

1 961

Обсудить

«Это многодетная мать»: стали известны подробности ДТП, в котором погибли дети

3 965

1

Спецоперация на Украине

На пожаре в омском лагере сгорели паспорта и одежда мобилизованных

10 033

31

Парень познакомился с сексуальной красоткой и потерял 44 тысячи. Раскрываем схему «развода»

2 422

6

«Ребят выбросило на дорогу из кабины»: публикуем видео с последствиями аварии с восемью пострадавшими

5 119

1

Заигралась и наглоталась клея: в Калачинске двухлетняя девочка попала в больницу с химическим ожогом

1 470

Обсудить

Спецоперация на Украине

На пожаре в омском лагере сгорели паспорта и одежда мобилизованных

10 033

31

Неизвестный разгромил три теплых остановки в центре Омска

4 753

22

На видео попало ДТП возле «G-Drive Арены», где перевернулась иномарка с собакой

1 961

Обсудить

«Это многодетная мать»: стали известны подробности ДТП, в котором погибли дети

3 965

1

Происшествия

Мнение

Действует как снотворное: спасатель рассказал, почему люди погибают в пожарах

2 234

2

Парень познакомился с сексуальной красоткой и потерял 44 тысячи. Раскрываем схему «развода»

2 422

6

«Ребят выбросило на дорогу из кабины»: публикуем видео с последствиями аварии с восемью пострадавшими

5 119

1

Заигралась и наглоталась клея: в Калачинске двухлетняя девочка попала в больницу с химическим ожогом

1 470

Обсудить

Происшествия

Репортаж

Курили прямо дома.

Репортаж из общежития на Космическом проспекте, где в пожаре погибли родители с маленьким ребенком

2 967

1

Не справилась с управлением и погиб ребенок. В страшном ДТП разбились две иномарки

4 304

11

В Омской области столкнулись две машины — восемь человек пострадали, один погиб на месте

5 897

4

«За то, что зимой ходит в шубе»: в новогоднюю ночь произошла схватка между посетителем пиццерии и частной охраной

2 285

13

Происшествия

Онлайн-трансляция

Число погибших в кемеровском приюте для наркоманов увеличилось: собираем всю информацию в режиме онлайн

2 188

6

Возле «G-Drive Арены» перевернулась иномарка с собакой — за рулем была женщина

2 227

5

В Омске из-за рухнувшей печки погибла 90-летняя женщина

2 339

10

В омской учебке сгорели палатки с вещами мобилизованных

2 953

9

Пожар в «Триумфе»

Фоторепортаж

12 часов борьбы со стихией: фоторепортаж с пожара в «Триумфе»

12 227

10

Автомобиль закрутило на трассе смерти и отбросило под колеса фуры — авария попала на видео

6 022

3

На выезде из Омска после смертельного ДТП образовалась трехкилометровая пробка

7 003

2

В Минобороны сообщили, что число погибших военных в Макеевке выросло до 89 человек

2 951

8

Происшествия

Дети разбили теплую остановку в Старом Кировске.

Публикуем видео с камеры наблюдения

3 925

8

Женщина за рулем иномарки выехала на встречную полосу, трое людей погибли

6 812

4

РЖД засудили «Омский каучук» за течь цистерны с химикатами

1 281

2

В Минобороны назвали число погибших в Макеевке российских военных

4 010

42

Происшествия

Дети разбили теплую остановку в Старом Кировске. Публикуем видео с камеры наблюдения

3 925

8

Автомобиль закрутило на трассе смерти и отбросило под колеса фуры — авария попала на видео

6 022

3

На выезде из Омска после смертельного ДТП образовалась трехкилометровая пробка

7 003

2

В Минобороны сообщили, что число погибших военных в Макеевке выросло до 89 человек

2 951

8

Пожар в «Триумфе»

Фоторепортаж

12 часов борьбы со стихией: фоторепортаж с пожара в «Триумфе»

12 227

10

Женщина за рулем иномарки выехала на встречную полосу, трое людей погибли

6 812

4

РЖД засудили «Омский каучук» за течь цистерны с химикатами

1 281

2

В Минобороны назвали число погибших в Макеевке российских военных

4 010

42

Стрельба в Крымске

Онлайн-трансляция

Мужчина открыл стрельбу на улице в Крымске — четверо погибли.

Собрали всё, что известно о трагедии

2 443

1

Неизвестный утащил к себе домой елку с Аллеи памяти на Левобережье

1 610

11

Омич угнал автобус с конечной и врезался в дом

3 665

3

В Омской области «десятка» упала с моста. Погиб водитель

4 213

12

Взрыв в доме на Сахалине

Онлайн-трансляция

На Сахалине в жилом доме взорвался газ. Собрали всё, что известно о трагедии

3 160

1

Полиция опровергла информацию о взрыве в Омске

6 248

11

«У вас есть дети?» — «Нет». Мать, задушившую двух сыновей и дочку, отправили за решетку

1 946

3

Погибшая в пожаре на Космическом проспекте женщина работала на подстанции скорой помощи

2 325

15

Самолет упал на дом в Иркутске

Онлайн-трансляция

Стали известны имена погибших в крушении Су-30 пилотов. Онлайн-трансляция

4 227

13

Появились фото с пожара в Омске, где погибли родители с маленькой дочерью

3 061

6

Маленький ребенок и его родители погибли при пожаре в общежитии на Космическом проспекте

3 507

1

На омской трассе женщина погибла после столкновения ее авто с грузовиком

2 534

3

Обрушение стены в пятиэтажке

«На эти деньги можно переехать из одной аварийки в другую»: куда делись жильцы пятиэтажки с рухнувшей стеной

3 794

23

«Человека не видел»: полиция задержала водителя фуры, который сбил пешехода на трассе и уехал

2 937

2

В ДТП с двумя пострадавшими заподозрили главу омской фармацевтической компании

2 723

3

«Я убила их, потому что больна». Мать задушила трех детей: собрали всё, что известно о трагедии

2 662

6

Обрушение стены в пятиэтажке

«На эти деньги можно переехать из одной аварийки в другую»: куда делись жильцы пятиэтажки с рухнувшей стеной

3 794

23

Появились фото с пожара в Омске, где погибли родители с маленькой дочерью

3 061

6

Маленький ребенок и его родители погибли при пожаре в общежитии на Космическом проспекте

3 507

1

На омской трассе женщина погибла после столкновения ее авто с грузовиком

2 534

3

Самолет упал на дом в Иркутске

Онлайн-трансляция

Стали известны имена погибших в крушении Су-30 пилотов. Онлайн-трансляция

4 227

13

«Человека не видел»: полиция задержала водителя фуры, который сбил пешехода на трассе и уехал

2 937

2

В ДТП с двумя пострадавшими заподозрили главу омской фармацевтической компании

2 723

3

«Я убила их, потому что больна». Мать задушила трех детей: собрали всё, что известно о трагедии

2 662

6

Все новости

Секвенирование следующего поколения: рассказы с мест

by Нэнси Мэддокс , магистр здравоохранения, писатель

В 1965 году Гордон Мур, соучредитель корпорации Intel, предвидел ошеломляющие темпы изменения мощности компьютеров: так называемый Мура Закон утверждает, что количество транзисторов в компьютерных чипах удваивается каждые два года.

Тем не менее, Грегори Армстронг, доктор медицинских наук, директор отдела передовой молекулярной диагностики Центра по контролю и профилактике заболеваний, заявил, что темпы технологических усовершенствований в области геномики превзошли даже этот высокий двухгодичный ориентир.

Революция в секвенировании следующего поколения (NGS), также известном как высокопроизводительное, глубокое или массово-параллельное секвенирование, началась примерно в 2006–2007 годах после появления пиросеквенирования и других компьютерных технологий, которые намного превосходят первые. поколение метода секвенирования Сэнгера с точки зрения скорости, производительности и доступности.

Сегодня платформа нового поколения, такая как популярный настольный компьютер MiSeq от Illumina, может обрабатывать от 8 до 48 образцов за цикл (в зависимости от патогена) и генерировать более миллиарда баз данных примерно за 55 часов. Инструмент стоит порядка 100 000 долларов.

Но, несмотря на привлекательность новой технологии, лаборатории общественного здравоохранения (PHL) не спешили присоединяться к революции нового поколения. В 2010 году, например, практически ни в одном штате PHL не было возможностей NGS.

«И здесь, в CDC, и во многих учреждениях общественного здравоохранения было ощущение, особенно в лабораториях, что общественное здравоохранение не справляется», — сказал Армстронг. «Эта революция в технологиях давала некоторые реальные возможности, но мы ими не воспользовались».

В 2011 году Центр по контролю и профилактике заболеваний (CDC) созвал группу Blue Ribbon по биоинформатике для оценки возможностей агентства в области биоинформатики, и комиссия опубликовала разоблачающий отчет. Этот отчет, по словам Армстронга, «дошел до Конгресса и исполнительной власти в Вашингтоне, округ Колумбия». Результатом усилий, которые были расширены за счет включения технологий NGS, зависящих от биоинформатики, стало создание программы CDC Advanced Molecular Detection (AMD) в октябре 2013 года.

Армстронг сказал: Мы не хотим, чтобы мы начали покрывать текущие эксплуатационные расходы. Наше финансирование призвано стать катализатором и способствовать инновациям в системе общественного здравоохранения США».

На практике это означало работу с другими программами CDC для поддержки внедрения соответствующих технологий следующего поколения, таких как полногеномное секвенирование (WGS), и поддержку обучения персонала. Частично благодаря усилиям AMD, в конце 2015 г. 37 PHL штатов имели собственные приборы NGS, а еще девять сообщили о планах приобрести эту технологию к концу 2016 г.

Следующий раунд финансирования эпидемиологического и лабораторного потенциала Соглашения о сотрудничестве будут включать около 2,5 млн долларов из программы AMD по разработке сквозной инфраструктуры NGS. Армстронг сказал, что его программа предназначена для финансирования около трех десятков лабораторий, а «возможно, и больше».

Платформы для тестирования NGS уже используются по всей стране для решения широкого круга приоритетных задач общественного здравоохранения, от туберкулеза и вируса Зика до скрининга новорожденных и проверки безопасности пищевых продуктов.

Роберт Майерс, доктор философии, директор Департамента здравоохранения штата Мэриленд и Администрации лабораторий психической гигиены, сказал, что его лаборатория использует NGS для конкретных приложений с 2012 года. По его словам, одним из самых больших преимуществ технологии является ее дискриминационная способность. , позволяя эпидемиологам идентифицировать новые микробы, такие как Изолировать Bergeyella zoohelcum от жертвы укуса свиньи в Мэриленде, а также для выявления генетически родственных субкластеров патогенов. В ходе одного расследования, например, WGS выявила, что вспышка Salmonella Newport на восточном побережье два лета фактически состояла из нескольких субкластеров, причем разные испорченные продукты питания были связаны со случаями в Нью-Йорке по сравнению с случаями в Мэриленде, Вирджинии, Делавэре, Пенсильвании и Огайо. Эта технология использовалась с аналогичным эффектом при других вспышках.

****************************

Нью-Йорк известен своими жаркими собачьими летними днями, когда кондиционеры гудят по всему городу. Когда в июле 2015 года Кимберли Массер, доктор философии, ответила на звонок из Лаборатории общественного здравоохранения Нью-Йорка (NYC), оказалось, что это напрямую связано с этими критически важными системами охлаждения.

Массер, курирующий тестирование на бактериальные заболевания в Центре Уодсворта (PHL штата Нью-Йорк), всего за несколько месяцев до этого работал с лабораторией Нью-Йорка для проверки воды в градирне здания в течение 9 месяцев.0004 Legionella pneumophila , возбудитель иногда смертельной пневмонии, известной как болезнь легионеров, распространяется через аэрозольную воду. Чиновники городского здравоохранения подозревали, что в Южном Бронксе разворачивается вспышка болезни легионеров. И они хотели остановить это.

Массер и ее сотрудники согласились поддержать расследование в области общественного здравоохранения, еще раз проверив воду градирни и питьевую воду с помощью ПЦР (всего 327 проб воды) и проведя WGS на клинических пробах и пробах из окружающей среды (80 проб в течение двух недель). период). В то же время ученые из Нью-Йорка и Уодсворта провели гель-электрофорез в пульсирующем поле на всех Изоляты Legionella , и ученые CDC применили второй метод типирования, типирование на основе последовательности, на подмножестве изолятов.

«Когда мы посмотрели на все эти данные, — сказал Массер, — мы смогли определить, что был один отель, Opera House Hotel, в котором было несколько изолятов окружающей среды, которые хорошо соответствовали всем эпидемическим случаям в Южный Бронкс. Это выглядело как серьезное расследование».

Затем в Восточном Бронксе была обнаружена вторая, меньшая вспышка Legionella . Последующие испытания привели властей к градирне в кампусе колледжа примерно в семи милях от отеля Opera House. Несмотря на некоторую неоднородность, изоляты из Восточного Бронкса и Южного Бронкса были очень похожи.

«Затем мы отступили назад и кое-что поняли», — сказал Мюссер. «Иногда вам нужно подумать о том, какой эталонный геном вы используете для сопоставления данных своей последовательности». Ученые Уодсворта использовали геном вспышки болезни легионеров в 1976 году в Филадельфии и смогли с уверенностью сопоставить 88% генома. Затем они переключились на один из экологических штаммов из отеля Opera House, «чтобы понять, не упустили ли мы что-нибудь, не используя весь геном». (В этом случае CDC провел тестирование с использованием платформы PacBio WGS, которая способна выполнять длинные чтения и генерировать завершенный закрытый геном.)

Результаты были ошеломляющими: 41 клинический изолят из вспышки в Южном Бронксе и пять изолятов из окружающей среды из отеля Opera House были идентичными. Более того, клинические и экологические изоляты Восточного Бронкса отличались от изолятов Южного Бронкса всего восемью парами оснований — из 3,4 миллиона пар оснований генома. Несколько исторических изолятов Legionella , извлеченных из архивов Нью-Йорка и Уодсворта, также отличались от штамма Южного Бронкса на одну-восемь пар оснований.

Массер сказал: «WGS обеспечивает дополнительную дискриминацию в ситуации, когда это действительно необходимо». Она сказала: «Мы думаем, что этот сорт присутствует в Нью-Йорке по крайней мере с 2007 года и медленно развивается в разных нишах. Мы называем это стойким эндемическим штаммом».

Излишне говорить, что губернатор штата и комиссар здравоохранения Нью-Йорка обнародовали новые правила, требующие регистрации, регулярного тестирования и, при необходимости, дезинфекции всех градирен, чтобы предотвратить проблемы в будущем.

*******************************

Программа AMD CDC в настоящее время финансирует около двух десятков программных областей. Армстронг сказал, что те, кто, вероятно, испытает «самое раннее воздействие» — это безопасность пищевых продуктов, туберкулез, грипп и устойчивость к противомикробным препаратам.

Эта технология наиболее полезна в ситуациях, когда исследователям требуется много информации от одного изолята, например маркеры вирулентности, маркеры лекарственной устойчивости, механизмы лекарственной устойчивости (например, плазмидные и неплазмидные), серотип, подтип и т. д. Например, в нью-йоркском центре Уодсворта WGS заменил около дюжины тестов, ранее использовавшихся для эпиднадзора за туберкулезом, и дает результаты быстрее.

Еще одним преимуществом является конвергентный характер технологии NGS, означающий, что лаборатория может использовать тот же персонал, то же оборудование и очень похожие процессы для анализа целого ряда микробов, от вирусов до бактерий. Кроме того, разные лаборатории могут генерировать сопоставимые цифровые данные, используя разные методы пробоподготовки и разное программное обеспечение.

Только в этом году Лаборатория общественного здравоохранения штата Миннесота начала использовать NGS для Streptococcus pneumoniae. Дейв Боксруд, магистр медицины, который курирует программу молекулярной эпидемиологии в лаборатории, сказал: «У нас может быть немного другой [генетический] метод выделения, чем у CDC, и это будет хорошо. В конце концов, у нас есть последовательности и способы оценки качества этих последовательностей. Все, что мы производим в Миннесоте, можно сравнить с данными из других лабораторий».

Данные также можно сравнивать с последовательностями из различных американских или международных генетических баз данных.

**********************************

Устрицы относятся к ценным рыбным промыслам в Чесапикском заливе. млн в 2013-14 гг. Поскольку их часто едят сырыми, они также могут быть источником болезней, в основном связанных с Vibrio parahaemolyticus , бактерией, которая процветает в солоноватых водах с умеренным климатом. В 2010 году два посетителя заболели после того, как съели сырых устриц в двух разных ресторанах Балтимора. V. parahaemolyticus был обнаружен в их фекалиях, и штаммы были достаточно сходны с помощью анализа PFGE, чтобы рассматривать случаи как кластер.

По редкому стечению обстоятельств лаборанты также смогли проанализировать образцы устриц, собранные в том же месте Чесапикского залива, что и те, которые потребляли посетители. Удивительно, но помимо штамма, вызвавшего вспышку, они обнаружили множество других штаммов V. parahaemolyticus , что вызывает вопросы о происхождении организмов и их родстве.

В прошлом году Джули Хендигес, руководитель основной лаборатории секвенирования в Администрации лабораторий Департамента здравоохранения и психической гигиены штата Мэриленд (MD DHMH), провела ретроспективный анализ архивных изолятов с использованием полногеномного многолокусного типирования последовательности ( wgMLST), чтобы ответить на эти вопросы.

Ученые проверили 479 штаммов V. parahaemolyticus из устриц, собранных в пострадавших районах. Из них они идентифицировали и секвенировали 11 потенциально патогенных штаммов. Исследователи обнаружили, что штамм клинической вспышки 2010 года и связанный с ним штамм устриц были> 99,999% идентичны на уровне нуклеотидов, что подтверждает связь с устрицами Чесапикского залива. Однако сравнение с близкородственными геномными последовательностями в GenBank, базе данных генетических последовательностей в Национальных институтах здравоохранения, показало, что этот штамм принадлежит к клональному комплексу, эндемичному для Азии, где он считается пандемическим организмом. Хендигес сказал: «Обычно мы не видим азиатских штаммов. То, как он попал в Чесапикский залив, вызвало множество спекуляций, но мы не видели его с 2010 года.

*******************************

Несмотря на многочисленные плюсы, NGS не лишен проблем. Возможно, самые большие из них относятся к кадрам и анализу данных, двум сторонам одной медали.

Майерс сказал: «Для получения качественных результатов WGS нужны высококвалифицированные люди. Теперь вам действительно нужны люди, которые хорошо разбираются в данных и числах. Это кадровый вопрос».

В то время как CDC разработал свои собственные конвейеры анализа, которые могут использовать PHL, агентство также работает с APHL над разработкой облачного конвейера, к которому можно получить доступ через платформу APHL Informatics Messaging Service Platform. По словам Боксруда, есть надежда, что PHL «могут контролировать анализ. CDC не должен быть привратником, но он может получить необходимую информацию».

Другие проблемы связаны с нацеливанием все еще дорогой технологии на наиболее рентабельные виды использования. Майерс сказал, что, хотя NGS предоставляет множество подробных данных о секвенированных микробах, он может быть «более мощным, чем вам нужно для некоторых приложений».

Управление CDC по устойчивости к противомикробным препаратам, возглавляемое Жаном Пателем, доктором философии, D (ABMM), будет финансировать семь PHL (о которых будет объявлено в августе этого года) для разработки возможностей референтного уровня для обнаружения и характеристики устойчивых к лекарствам микробов, таких как карбапенем. -устойчивые Enterobacteriaceae, устойчивые к колистину mcr-1 - положительный E. coli и Candida auris , новый штамм дрожжей, невосприимчивый к обычным противогрибковым препаратам. Патель сказал, что NGS «очень хорош для обнаружения сопротивления, о котором мы уже знаем, но не так хорош для обнаружения сопротивления, о котором мы не знаем». И даже когда обнаружены гены лекарственной устойчивости, фенотипическое тестирование все еще может быть необходимо для подтверждения активности этих генов и выявления устойчивости, кодируемой новыми механизмами.

Тем не менее, PHL находят важные ниши для NGS даже за пределами микробиологических лабораторий.

**********************************

В апреле этого года Висконсинская программа скрининга новорожденных (NBS) должна была решение. Государственная лаборатория гигиены находилась в самом разгаре двухлетней пилотной программы по оценке использования панели из 240 мутаций в качестве анализа NBS второго уровня для муковисцидоза (МВ), наследственного заболевания, связанного с дефектами в 250 000 ген CFTR длиной в пару оснований. (Более 10 миллионов американцев имеют дефект в одной копии гена, что делает их носителями муковисцидоза. Около 35 000 имеют дефекты в обеих копиях и страдают заболеванием.)

Мей Ван Бейкер, доктор медицинских наук, FACMG, который является одним из руководителей лаборатории NBS, сказал, что пилотный проект накопил «хороший год» данных и опыта, когда рутинный анализ CF второго уровня программы — обычный молекулярный тест с гораздо меньшей панелью мутаций — был снят с продажи. «Поэтому нам пришлось принять более раннее решение», — сказала она.

«Нашим клиницистам по CF и членам комитета NBS очень нравится эта комплексная [пилотная] панель, — сказал Бейкер, сославшись на ее преимущества: — Дополнительные мутации на панели повышают вероятность выявления мутации, вызывающей заболевание, в истинных случаях МВ. и ставит нас в более выгодное положение для выявления носителей болезней. Кроме того, анализ получает всю информацию о последовательности кодонов гена CFTR и может быть обновлен для включения недавно обнаруженных мутаций с помощью модификаций программного обеспечения без изменения анализа».

Несмотря на то, что вариант NGS более дорогостоящий, Бейкер говорит, что он также более рентабельный с точки зрения цены за мутацию. Таким образом, государство решило заставить пилота пройти стандартный скрининг второго уровня CF.

Тем не менее, несмотря на хороший результат, Бейкер по-прежнему осторожно относится к включению дополнительных анализов NGS в программу Wisconsin NBS и особенно к использованию таких анализов в качестве скрининга первого уровня.

Традиционные анализы NBS ищут последующие биохимические маркеры, такие как повышенный уровень фенилаланина в случае фенилкетонурии, которые указывают на недостаточность ферментов или другие врожденные нарушения. NGS, с другой стороны, ищет генетический источник расстройств NBS вверх по течению. Проблема в том, что не все болезнетворные мутации известны. Кроме того, клиническое значение той или иной мутации не всегда хорошо понимается.

Бейкер сказал, что NGS «дополняет традиционные методы обнаружения метаболитов». Она сказала: «Вы должны учитывать полезность. Я хочу, чтобы мы сделали это осторожно».

**********************************

Несмотря на то, что NGS все еще может считаться развивающейся технологией PHL, Армстронг из CDC сказал, что ранние инвестиции в технологию уже привели к прогрессу в области общественного здравоохранения. В качестве примера, по его словам, разработанная CDC инфраструктура для секвенирования вирусов денге и чикунгуньи была легко адаптирована к вирусу Зика после того, как этот микроб вызвал крупномасштабные вспышки в Латинской Америке.

Следующим большим импульсом для NGS, вероятно, станет метагеномика — область, занимающаяся извлечением генетического материала непосредственно из экологических или клинических образцов, таких как мазок из кишечника или образец воды. Метагеномные ярлыки устранили бы необходимость в дополнительном секвенировании для выделения представляющих интерес насекомых из микробных сообществ, содержащих множество видов.

Тем временем Боксруд сказал, что ожидает, что новое финансирование AMD «изменит правила игры».

Он сказал: «Я думаю, что через год все будет выглядеть совсем иначе. Я думаю, что NGS станет нормой в течение следующего года; не для всех лабораторий, но для значительного числа».

Секвенирование нового поколения – YourGenome

 

 

Изображение предоставлено: Genome Research Limited

Секвенирование следующего поколения принесло с собой принципиально иной подход к секвенированию ДНК, позволивший сократить время и затраты, необходимые для секвенирования генома.

  • Стоимость секвенирования 1 миллиона оснований: 34 пенса
  • Время секвенирования 1 генома человека: 10 дней

Секвенирование следующего поколения принесло с собой принципиально иной подход к секвенированию ДНК.

Внедрение секвенирования нового поколения в 2007 году наделало много шума в мире геномики, поскольку принесло с собой принципиально иной подход к секвенированию ДНК.

Принципы в некотором роде аналогичны капиллярному секвенированию, когда идентифицируются и записываются основания небольшого участка ДНК. Однако секвенирование нового поколения не ограничивается несколькими фрагментами ДНК, а расширяет этот процесс, позволяя одновременно секвенировать миллионы образцов. По этой причине его иногда называют массово-параллельным секвенированием.

В результате можно быстро секвенировать большое количество ДНК. С помощью некоторых секвенаторов следующего поколения исследователи могут секвенировать более пяти геномов человека на одну машину менее чем за неделю.

Сегодня секвенирование нового поколения позволяет секвенировать один геном человека менее чем за 5000 долларов всего за один день.

Для сравнения: проект «Геном человека», в ходе которого был секвенирован первый человеческий геном с помощью капиллярного секвенирования, занял около 10 лет и стоил почти 3 миллиарда долларов. Сегодня секвенирование следующего поколения может секвенировать один геном человека всего за 5000 долларов за один день.

Секвенирование следующего поколения может быть адаптировано к любому размеру генома.

Секвенирование следующего поколения также отличается высокой гибкостью и может быть адаптировано к любому размеру генома. От маленьких геномов, таких как геномы вирусов, до гораздо больших геномов, таких как геномы человека. Кроме того, подготовка образцов для секвенирования следующего поколения выполняется намного быстрее, чем для капиллярного секвенирования, поскольку ученым больше не нужно выращивать библиотеки ДНК в бактериях. Это означает, что исследователи могут обрабатывать ДНК для секвенирования за гораздо более короткий период времени.

С помощью новейших технологий мы можем изучать геномы, чтобы выявить генетические причины рака, диабета, шизофрении и других заболеваний.

Секвенирование следующего поколения дает ученым возможность сравнивать геномы многих разных людей. С помощью новейших технологий мы можем изучать геномы самых разных людей, чтобы получить данные, необходимые для их сравнения и выявления генетических причин рака, диабета, шизофрении и других заболеваний.


Learn more